La question de la validité des certificats médicaux non visés par la CNAS (Caisse nationale des assurances sociales) a longtemps créé une insécurité juridique pour les administrations et un risque injustifié pour les agents publics.

En pratique, certaines administrations refusaient d’accepter des certificats non validés par la CNAS comme justificatif de congé maladie, allant parfois jusqu’à engager des procédures disciplinaires lourdes : suspension, retenues sur salaire, voire l’isolement pour abandon de poste, comme dans l’affaire ayant motivé la correspondance du 07 juillet 2025.

La mauvaise interprétation de l’obligation de visa CNAS — qui relève du domaine des prestations sociales (remboursement), et non de la justification administrative du congé maladie — entraînait des sanctions disproportionnées contre les agents.

Pour mettre fin à ces dérives et harmoniser les pratiques, la Fonction publique a publié une note explicative, transmise par la correspondance n° 2570 du 19 octobre 2025, rappelant les règles applicables et rétablissant la portée exacte du certificat médical dans la relation de travail.

Précédent régime : une confusion entre justification administrative et prise en charge sociale

Avant cette clarification :

• Beaucoup d’administrations refusaient d’accepter un certificat médical dépourvu du visa de la CNAS.
• Certaines considéraient qu’un certificat non visé était sans valeur, donc que l’absence n’était pas justifiée.

Ceci entraînait :

• des retenues sur salaire,
• des procédures disciplinaires,
• des conseils de discipline,
• jusque parfois des décisions d’abandon de poste.

Cette approche reposait sur une confusion juridique :

→ Le visa CNAS sert à activer le remboursement des soins / indemnités journalières, pas à valider la réalité de l’incapacité de travail.

Ainsi, la sanction d’un agent au seul motif que son certificat n'est pas visé par la CNAS reposait sur une base juridiquement infondée.

Ce qui change : la nouvelle position officielle de la Fonction publique

La correspondance de 2025 opère un revirement clair et établit trois principes essentiels :

1) Le certificat médical doit être accepté même sans visa CNAS

Un certificat médical régulièrement établi par un médecin suffit à justifier l’absence.

L’administration ne peut plus refuser ce justificatif au motif qu'il n’est pas validé par la CNAS.

Il s’agit d’un acte médical qui constate une incapacité de travail, indépendant des mécanismes de remboursement.

2) Le refus de validation par la CNAS relève uniquement de la relation assurantielle

Le refus de visa est un litige entre l’assuré et la CNAS, qui concerne l’indemnisation, et non la relation de travail.

L’administration n’a donc aucune compétence pour en tirer des conséquences disciplinaires.

3) Aucune sanction disciplinaire n’est possible pour absence de visa CNAS

La note précise explicitement :

• pas de sanction disciplinaire ;
• pas de mise en demeure ;
• pas de procédure d’isolement pour abandon de poste ;
• pas de décision de licenciement pour ce motif.

L’absence de visa ne peut plus être utilisée comme fondement disciplinaire.

Analyse juridique du changement

a) Distinction entre incapacité de travail et remboursement CNAS

Le certificat médical a une double dimension :

• Administrative

Justifie l’absence et protège l’agent

• Assurantielle

Permet le remboursement et les indemnités CNAS

Le visa CNAS ne concerne que la dimension assurantielle.

b) Sécurité juridique renforcée pour les agents

L’administration ne peut plus apprécier elle-même la validité médicale du certificat ni la conditionner à un visa externe.

c) Alignement sur le droit disciplinaire

Une faute disciplinaire suppose une violation volontaire d’une obligation légale ou réglementaire.

Or, l’absence de visa CNAS ne constitue ni une faute, ni une obligation imposée à l’agent dans le cadre du droit de la fonction publique.

d) Réduction des contentieux

La clarification chasse les décisions illégales fondées sur une mauvaise lecture du droit et évite les recours devant :

• les commissions de recours,
• les tribunaux administratifs.

Conséquences pratiques pour les administrations

Les services de ressources humaines doivent désormais :

• Accepter tout certificat médical authentique, qu’il soit ou non visé par la CNAS ;
• Abandonner toute politique interne exigeant un visa préalable ;
• S’abstenir de toute procédure disciplinaire liée à l’absence de visa ;
• Mettre à jour leurs instructions internes et informer les chefs de service.

Une clarification protectrice et nécessaire

La correspondance n° 2570/2025 vient rétablir la portée exacte du certificat médical :

→ un justificatif d’absence suffisant, sans condition de visa CNAS.

Ce rappel vise à protéger les agents contre des sanctions injustifiées, à harmoniser les pratiques administratives et à recentrer chaque acteur (administration / CNAS / agent) dans son rôle juridique propre.

Il marque un pas supplémentaire vers une fonction publique plus équitable, respectueuse des droits des employés et conforme au cadre légal applicable.

Vous êtes abonné ? Restez à jour en consultant les notes, communiqués et circulaires ainsi que l’ensemble des Codes en vigueur sur Legal Doctrine.

Restez à l’affût des dernières actualités juridiques en vous abonnant à notre newsletter Legal Doctrine.